TNG (The Next Generation) є дуже гнучкий і високопродуктивний формат файлу траєкторії для
, спеціально розроблений для GROMACS. Він включає підтримку одночасного зберігання як координат зі зниженою точністю, так і версії з повною точністю без втрат.
tng. Файли з . Розширення файлу tng може містити всілякі дані, пов’язані з траєкторією симуляції. Наприклад, він може містити координати, швидкості, сили та/або енергії.
Програма GROMACS pdb2gmx генерує топологію для вхідного файлу координат. Цей файл координат підтримує декілька форматів, але pdb є найбільш поширеним форматом (звідси назва pdb2gmx).
Файл індексу GROMACS (зазвичай називається індекс. ndx) містить деякі визначені користувачем набори атомів. Файл може бути прочитаний більшістю програм аналізу, графічної програмою (gmx view) і препроцесором (gmx grompp).
Програми GROMACS можуть читати та писати вікно моделювання в записі CRYST1. The формат pdb також можна використовувати як формат траєкторії: кілька структур, розділених ENDMDL, можна читати або записувати в один файл.
PNG – це скорочення від Портативна мережева графіка, тип файлу растрового зображення.