Білкове моделювання та дизайн є метод спрямований на згортання первинної послідовності амінокислот
з кінцевою метою розробки нових функцій і поведінки.
- Фосфорилювання та фосфопротеоміка. Збагачення фосфопротеїном. Ідентифікація сайтів. Широкомасштабний фосфоаналіз. Відносна кількісна оцінка. …
- Пальмітоїлування.
- Убіквітування/SUMOylation.
- Глікозилювання.
- Ацетилювання, метилювання та диметилювання.
- Інші модифікації.
- ПТМ-фосфо-гель.
- ПТМ-фосфопротеом-розчин.
Гомологічне моделювання білків, також відоме як порівняльне моделювання, є обчислювальною технікою, яка дозволяє побудувати модель атомарної роздільної здатності «цільового» білка з його амінокислотної послідовності та експериментальної тривимірної (3D) структури спорідненого гомологічного білка ( «шаблон»).
Метод Кьєльдаля, хімічна процедура для азоту, досі залишається основним методом аналізу білка. У цій статті описано метод К’єльдаля, метод зв’язування барвника Уді та новий метод інфрачервоного відбиття для визначення білка.
Найпоширенішим методом є додайте карбоксипептидази до розчину білка, відбирайте зразки через регулярні проміжки часу та визначте кінцеву амінокислоту, аналізуючи графік концентрації амінокислот у залежності від часу. Цей метод буде дуже корисним у випадку поліпептидів і N-кінців, заблокованих білками.
Усі поточні методи порівняльного моделювання складаються з п’яти послідовних кроків: (1) пошук білків із відомими тривимірними структурами, пов’язаними з цільовою послідовністю, (2) вибір тих структур, які будуть використовуватися як шаблони, (3) вирівнювання їх послідовності з цільовою послідовністю, (4) для побудови моделі для …