Фітц і Сіммонс возз'єднуються, а Морс, яка є колишньою дружиною Хантера, приєднується до команди. Батько Скай сам доставляє Обеліск у Вайтхолл і пропонує об'єднати зусилля з Гідрою. Під час зустрічі Організації Об'єднаних Націй щодо Щ.І.Т., агенти Гідри, видаючи себе за Щ.І.Т. оперативники атакують і вбивають кількох представників світу.
Скай залишається в загробному житті зі своєю матір'ю. Тієї ночі Райна стикається з Цзяїном через її справжній план, який вона передбачила своїми силами. Цзяїн вбиває Райну, але надто пізно бачить, що Скай була свідком дій своєї матері.
Після бурхливих дебатів Фітц зізнався Сіммонсу в любові і відкрив люк. На щастя, він вижив, але з цього моменту він змінився. А щодо Сіммонса, то вона знайшла власні способи бути корисною. Коли Коулсон намагався відновити Щ.І.Т.Д., він призначив Сіммонса на посаду під прикриттям. Гідра вчений.
На життя Фіца робиться замах, який мало не вбиває його. У результаті Саллі стає президентом, на превеликий розчарування Сайрус. Виживши, Фіц вирішує розлучитися, чого Меллі намагається уникнути, якимось чином переконавши свого акушера/гінеколога викликати пологи на 4 тижні раніше.
У 2 сезоні Клей і Скай вступають у стосунки, які сповнені надії та болю для них обох, оскільки Клей дізнається про депресію Скай і робить усе можливе, щоб бути поруч із нею. Дружба Скай і Клея дивує їх обох і говорить про тему серіалу про те, що ніхто не знає, через що проходить хтось інший.