РЕКОМБІНАЦІЯ руйнує нерівновагу між генами. За відсутності мутації та в незмінному середовищі порушення рівноваги зв’язків, наявне в популяції, буде в основному продуктом відбору, що сприяє певним комбінаціям генів.
По-перше, очікувані рівні LD є функцією рекомбінації. Це легко зрозуміти: чим більше рекомбінації між двома сайтами, тим більше вони перемішуються відносно один одного, зменшуючи LD.
Відповідь. Остаточна відповідь: Рекомбінація, зокрема кросинговер під час мейозу, зменшує або усуває нерівновагу зчеплення шляхом обміну генетичним матеріалом між гомологічними хромосомами та введення нових комбінацій алелів.
На це впливають два фактори: мутація і рекомбінація. Оскільки ймовірність рекомбінації зростає, чим далі один від одного знаходяться два локуси, LD має тенденцію бути найвищим між локусами, які розташовані дуже близько один до одного в геномі.
Це тому, що рекомбінація може порушити випадкову негативну нерівновагу це має тенденцію відбуватися між улюбленими алелями, особливо коли частоти окремих алелів низькі.
На порушення рівноваги зчеплення впливає багато факторів, у т.ч відбір, швидкість генетичної рекомбінації, швидкість мутації, генетичний дрейф, система спарювання, структура популяції та генетичний зв'язок.