Теми індивідуальність, свідомість, свобода, вибір і відповідальність в значній мірі покладаються на всю серію, зокрема через філософію Сьорена К’єркегора. Назва епізоду 16 є посиланням на книгу К'єркегора «Хвороба до смерті».
«Євангеліон» теж глибоко досліджує фрейдистську психологію та філософію. Один із прикладів, потяг до смерті, Танатос, пояснює, що мета життя — смерть. Один персонаж, Аянамі, має справу з цим потягом до смерті та самознищення, знаючи, що вона замінний клон і зрештою втрачає самосвідомість.
Серія досліджує досвід та емоції пілотів Євангеліону та членів Nerv, коли вони борються з ангелами. Вони покликані зрозуміти основну причину подій і мотиви людських дій.
Метою Інструментальності в Neon Genesis Evangelion було вийти за рамки смертної форми та досягти нової еволюції людства.
NGE вважається заслуговуючим уваги через його складні теми ескапізму, релігії, депресії та філософії, які змушують глядача сумніватися у власних заслугах.