Ген 18S рРНК еукаріотичних мікробів із довжиною послідовності між 1500-2000 bp, також містить як консервативні, так і варіабельні області.
Довжина 18S рРНК значно варіюється в еукаріотичному філогенетичному дереві, що відповідає діапазону 16S-19S в одиницях Сведберга, із середньою довжиною, як правило, приблизно 2000 нуклеотидів. 18S рРНК людини має довжину 1869 нуклеотидів.
Для стандартної ПЛР вчені зазвичай розробляють амплікони між ними 200–1000 п.н. Для кількісної ПЛР стандартні амплікони варіюються від 75–150 п.н. Малоймовірно, що амплікон буде занадто коротким.
Розміри рибосомної РНК
| види | рРНК | Розмір (kb) |
|---|---|---|
| Тютюновий лист | 18S | 1.9 |
| 23S | 2.9 | |
| 25S | 3.7 | |
| Дріжджі | 18S | 2.0 |
Ген 16S рРНК (16S) зберігається у більшості бактерій і архей і становить приблизно 1500 б.п з дев'ятьма різними гіперваріабельними ділянками (V1–V9). Секвенування ампліконів, спрямоване на ген 16S рРНК (аналіз 16S), широко використовується для аналізу мікробіоти за допомогою технологій секвенування наступного покоління (NGS) [1, 2].
Ген 18S рРНК еукаріотичних мікробів із довжиною послідовності між 1500-2000 bp, також містить як консервативні, так і варіабельні області. Завдяки консервативному темпу еволюції він придатний для таксономічної ідентифікації на рівні виду та вище.