The 49ers почав займатися професійним футболом у 1946 році як член Всеамериканської футбольної конференції. Їх заснував лісовий магнат Тоні Морабіто, який кілька разів намагався отримати команду НФЛ для району затоки разом з Алленом Е. Соррелом та Ернестом Дж.
Команда проводить свої домашні ігри на стадіоні Леві в Санта-Кларі, Каліфорнія, розташованому за 38 миль (61 км) на південний схід від Сан-Франциско. Команда названа на честь старателів, які прибули до Північної Каліфорнії під час золотої лихоманки 1849 року..
Історія команди Сан-Франциско 49ерс почав грати в 1946 році як чартерний член Всеамериканської футбольної конференції. AAFC об’єдналася з NFL у 1949 році, і 49ers стали 10-ю найстарішою франшизою в NFL. У 1977 році Едвард Дж. ДеБартоло мол.
Прийшли сорок дев’яті Латинської Америки, зокрема з мексиканських гірничих районів поблизу Сонори та Чилі. Шукачі золота та торговці з Азії, в основному з Китаю, почали прибувати в 1849 році, спочатку в скромних кількостях, до Гум Сан («Золота гора»), так китайською мовою називають Каліфорнію.
Відкриття золота в 1848 році Джеймсом Маршаллом викликало масову хвилю міграції на захід. Найбільший наплив припав на 1849 р., а тих старателів, які шукали своєї долі стали відомі під загальною назвою сорок дев’ятих за роком прибуття.
Тридцять дев'ять років тому, 5 березня 1959 р. група з 21 родини з Детройту, пов’язаної з пригодами, вирушила в 4500-мильну подорож до пустелі Аляски. Відомі як 59ers, мандрівники хотіли обміняти щурячі перегони міського життя на виклики піонерського життя в пустелі Аляски. Шлях, яким пройшов караван.