Царство протистів має організми, риси яких нагадують рослини, тварин і гриби, тому це царство не має чітко визначених кордонів і формує зв’язок із рослинами, тваринами та грибами. Це неоднорідне царство. Тому біологам важко дійти згоди щодо класифікації протистів.
Протистів важко класифікувати, оскільки вони мають спільні риси з іншими організмами, але також мають значні відмінності. Наприклад, багато протистів є фотосинтетиками, що означає, що вони здатні виробляти власну їжу за допомогою фотосинтезу.
Усі протисти є еукаріотами, які мають пов’язані з мембраною ядра та органели. Чому протистів важко класифікувати? Вони мають велику різноманітність форм тіла, засобів пересування, стратегій живлення та способів розмноження.
Чому вчені не дійшли згоди щодо єдиної системи класифікації протистів? Просто тому що Protista — це королівство для всіх еукаріотичних організмів, які не вписуються в жодне з інших королівств еукаріотів. Вони не відповідають дескрипторам інших Королівств і, отже, підходять для свого власного Королівства.
Більше того, протисти, які демонструють подібні морфологічні особливості, могли розвинути аналогічні структури через подібний селективний тиск, а не через недавнє спільне походження. Це явище, наз конвергентна еволюція, є однією з причин, чому класифікація протистів є такою складною.
Протести не можна точно розділити на водорості, найпростіші та гриби. Як наслідок, протисти поширені між основними звичайними класифікаціями водоростей і грибів (у царських системах) і еукаріотами загалом (у тридоменній системі).