FastQC використовує систему черги, де одночасно відкривається лише один файл, а нові файли чекатимуть, доки не буде оброблено існуючі файли. * Формат Casava fastq такий самий, як і звичайний fastq, за винятком того, що дані зазвичай розбиваються на кілька файлів для однієї вибірки.
Використовується FastQC до перевірок контролю якості необроблених даних послідовності, що надходять із високопродуктивних конвеєрів секвенування.
Відповідь: Ви можете запустити FastQC якщо ви підозрюєте низьку якість секвенування або маєте кілька «N» у штрих-кодах.
Білки проти нуклеотидів: тільки FASTA використовується для білкових послідовностей. Розмір файлу: файли FASTQ більші завдяки додатковій якісній інформації та тому, що вони зосереджені на необроблених даних, які надходять безпосередньо з секвенсора. Довжина послідовності: обидва формати підходять для різної довжини, від короткого до довгого читання.
Він надає модульний набір аналізів, які можна використовувати для дати швидке уявлення про те, чи є у ваших даних якісь проблеми, про які ви повинні знати перед проведенням будь-якого подальшого аналізу.
Найпростіший спосіб запустити FastQC – просто fastqc *. fastq. gz всередині каталогу з даними послідовності (враховуючи, що файли послідовності закінчуються на fastq. gz ).