Для малих молекул, що складаються з елементів з низьким атомним номером, моноізотопна маса спостерігається як ізотопно чистий пік у спектрі мас. Це відрізняється від номінальної молекулярної маси, яка є сума масового числа первинного ізотопу кожного атома в молекулі і є цілим числом.
Моноізотопна маса в спектрі мас відноситься до маси ізотопного піку, елементний склад якого включає найпоширеніший ізотоп складового елемента, тоді як середня маса є середнім ізотопних мас, зважених за вмістом ізотопів.
Моноізотопна маса молекули відрізняється від номінальної маси тим сума точних мас найпоширенішого (не найлегшого!) ізотопів складових атомів використовується замість цілих мас.
Номінальна маса: у мас-спектрометрії m/z вимірюється або обчислюється лише як ціле число. У мас-спектрі глюкози номінальна маса для M = (6 x 12) + (12 x 1) + (6 x 16) = 180, тоді як точна маса становить (6 x 12,0000) + (12 x 1,007825) + (6 x 15,99415) = 180,0588.
Номінальна маса елемента дорівнює масове число його найпоширенішого природного стабільного ізотопу, а для іона або молекули номінальна маса є сумою номінальних мас складових атомів.
Теоретична моноізотопна маса молекули обчислюється шляхом взяття суми точних мас (включаючи дефект маси) найпоширенішого природного стабільного ізотопу кожного атома в молекулі.