Динамічні зміни в структурі хроматину можуть як стимулювати, так і пригнічувати експресію генів сприяння взаємодії між енхансерами та іншими цис-регуляторними компонентами та їхніми цільовими генами.
Будова хроматину накладає значні перешкоди на всі аспекти транскрипції, які опосередковуються РНК-полімеразою II. Динаміка структури хроматину жорстко регулюється кількома механізмами, включаючи модифікацію гістонів, ремоделювання хроматину, включення варіантів гістону та витіснення гістонів.
Збільшення рівня конденсації хроматину може призвести до зменшення розміру ядра, збільшення ядерної жорсткості та оптимізації взаємодії між цитоскелетом і ядром для забезпечення кращої зміни форми ядра, необхідної для ефективної міграції клітин.
Основною функцією є упаковують довгі молекули ДНК у більш компактні та щільні структури. Це запобігає заплутуванню ланцюгів, а також відіграє важливу роль у зміцненні ДНК під час поділу клітини, запобіганні пошкодженню ДНК та регулюванні експресії генів і реплікації ДНК.
Еухроматин може перетворюватися на гетерохроматин, який може контролювати експресію генів у клітині. Такі процеси, як клітинний цикл, використовують це для регулювання транскрипції різних генів протягом усього клітинного циклу. Перехід може відбутися в інших випадках, наприклад під час інфекції.
Стан хроматину може обмежувати доступ факторів транскрипції та РНК-полімерази до промоторів ДНК, сприяючи обмежувальному основному стану експресії генів. Для того, щоб відбулася транскрипція генів, структура хроматину повинна бути розкручена.