Малайзія вкрита ковдрою дощові тропічні ліси. Великі річки, які живляться майже 10 футів дощу (близько трьох метрів) на рік, течуть з високогір’я країни і впадають у теплі тропічні моря. У поєднанні ці три екосистеми — лісова, річкова та морська — роблять Малайзію однією з 17 країн світу, що мають величезне різноманітність.
Західна або півострівна Малайзія складається з низки крутих гір, вкритих лісом, з прибережними рівнинами на сході та заході, а головною річкою є Паханг. Східна Малайзія має широку заболочену прибережну рівнину, яка піднімається до вкритих джунглями пагорбів у внутрішній частині.
На півострові Малайзія переважає його гірське ядро, який складається з ряду приблизно паралельних гірських хребтів, вирівняних з півночі на південь. Найвидатнішим з них є Головний хребет, який має довжину близько 300 миль (480 км) і має вершини, що перевищують 7000 футів (2100 метрів).
Приблизно 58,2% території Малайзії вкрито лісами. Велика кількість низинний ліс знаходиться на висоті нижче 760 метрів (2493 футів). Східна Малайзія, як і більша частина Борнео, раніше була вкрита рівнинними дощовими лісами Борнео з понад 2000 видів дерев.
Малайзія має a тропічний клімат. Середньорічна температура в Малайзії становить 25,4°C. Існує відносно невелика сезонна мінливість середньомісячної температури, яка коливається на один градус Цельсія від мінімальної 24,9°C у січні до максимальної 25,9°C у травні. Квітень, травень і червень – найжаркіші місяці в році.
Малайзії екологія надзвичайно різноманітна, з різноманітною флорою та фауною в різних екорегіонах по всій країні. Тропічні ліси займають від 59% до 70% загальної території Малайзії, з яких 11,6% є незайманими.