Крім того, nucleus raphe obscurus опосередковує видих через ефект серотоніну та пригнічує періодичні синаптичні потенціали. Також було показано, що це ядро стимулює моторику шлунково-кишкового тракту; мікроін'єкції 5-НТ в затемнене ядро шва посилюють рух шлунка.
Ядро рафа є відповідальний за більшу частину серотонінергічної коркової та смугастої іннервації. Триптофан, попередник серотоніну, спочатку перетворюється на 5-гідрокситриптофан на стадії обмеження швидкості, що каталізується триптофангідроксилазою, і негайно перетворюється на серотонін за допомогою AAD.
Бліде ядро шва (NRPa) (B1) є група мультиполярних 5-HT нейронів середнього розміру в парамедіанних колонках. Ядро, розташоване у вентральній оболонці, простягається каудально до переднього кінця нижнього оливкового ядра.
Ядра шва є основним місцем розташування в мозку вироблення нейромедіатора серотоніну, а серотонін, синтезований у ядрах шва, потім надсилається по всій центральній нервовій системі.
Ядра шва забезпечують зворотний зв’язок із супрахіазматичними ядрами (SCN), таким чином беручи участь у циркадних ритмах у тварин. SCN передається до ядер шва через дорсомедіальне ядро гіпоталамуса зміна рівня серотоніну для станів сну/неспання.
Nucleus Raphe Magnus (RMg) — це скупчення серотонінергічних нейронів, розташованих у каудальному мосту та ростральній частині довгастого мозку, що відіграє важливу роль у модулювання сприйняття болю та інших фізіологічних функцій.