У 2020 році Шотландське розслідування щодо жорстокого поводження з дітьми опублікувало звіт, який включав будинки Барнардо в Тайнехольмі, Балкарі, Гласклуні та Крейгерні в Шотландії. Про це дійшло розслідування діти, які перебували під опікою цих будинків у 1950-х і 1960-х роках, зазнавали емоційного, сексуального та фізичного насильства.
(iv) Твердження про жорстоке поводження до міграції (1960 р.) 25 липня 1960 р. було висунуто твердження, що дитина у Великобританії «втручалася в гомосексуальні стосунки» з чотирма іншими дітьми до міграції Барнардо. Про це голова відповідного будинку Великобританії повідомив своєму менеджеру 25 липня 1960 року.
Після того, як епідемія холери прокотилася лондонським Іст-Ендом, в результаті якої загинуло 3000 людей і багато дітей залишилися сиротами, Барнардо знав, що залишилися діти потребують допомоги. У 1867 році він створив «пошарпану школу», де діти могли отримати безкоштовну початкову освіту.
Благодійна організація підтримала 42 справи про жорстоке поводження персоналу з дітьми у 2021 році, у тому числі два стосовно сексуального насильства та сім пов’язаних із фізичним насильством, показують рахунки. У результаті з дев’ятьма працівниками було звільнено або з ними не продовжено трудові договори, ще з двома відсторонено.
Prevent Child Abuse America® є найстарішою та найбільшою некомерційною організацією в країні, яка займається первинною профілактикою жорстокого поводження з дітьми та зневаги.
На початку роботи Барнардо виникли суперечки. Зокрема, його звинуватили у викраденні дітей без дозволу батьків і підробці фотографій дітей щоб зробити різницю між періодом до того, як їх врятував Барнардо, і періодом після цього здається більш драматичним.